Tzv. provozní účet slouží pro všechny příjmy a výdaje strany či hnutí s výjimkou příspěvků ze státního rozpočtu a darů, plnění vyplývajících z pracovněprávních vztahů a volebních výdajů. Provozní účet, který nemusí být transparentní, tedy slouží např. pro vedení finančních prostředků z členských příspěvků, platbu výdajů spojených s provozem strany či hnutí, nebo pro úhradu výdajů spojených s volbami do zastupitelstev obcí.

I v tomto případě platí, že pokud strana či hnutí nemá žádné příjmy anebo výdaje, které převyšují částku 5 000 Kč, nemusí účet vést. Jednotlivé výdaje nepřesahující 5 000 Kč může strana či hnutí hradit v hotovosti.

Po zřízení provozního účtu je potřeba oznámit Úřadu jeho číslo nebo jiný jedinečný identifikátor.